基于机器学习的基因组微卫星状态探测方法综述
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张舒莹,韩鑫胤,何小雨,袁丹阳,栾海晶,李瑞琳,何佳茵,牛北方
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Review of Genomic Microsatellite Status Detection Based on Machine Learning
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ZHANG Shuying,HAN Xinyin,HE Xiaoyu,YUAN Danyang,LUAN Haijing,LI Ruilin,HE Jiayin,NIU Beifang
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表2 MSIseq和MSIpred的特征
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Table 2 Features of MSIseq and MSIpred
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| 序号 | 特征 | 含义 | | 1 | T.sns（SNP） | 样本中SNS比率 | | 2 | S.sns（SNP_R） | MS序列中SNS比率 | | 3 | T.ind（INDEL） | 样本中indel比率 | | 4 | S.ind（INDEL_R） | MS序列中indel比率 | | 5 | T（t_mutation） | 样本中突变比率 | | 6 | S（t_mutation_R） | MS序列中突变比率 | | 7 | S.sns/T.sns（SNP_R/SNP） | - | | 8 | S.ind/T.ind（INDEL_R/
INDEL） | - | | 9 | S/T（t_mutation_R/t_
mutation） | - | | 10 | Frame_Shift_Del | 导致ORF偏移的删除比率 | | 11 | Frame_Shift_Ins | 导致ORF偏移的插入比率 | | 12 | In_Frame_Del | ORF没有偏移的删除比率 | | 13 | In_Frame_Ins | ORF没有偏移的插入比率 | | 14 | Missense_Mutation | 错义突变比率 | | 15 | Nonsense_Mutation | 无义突变比率 | | 16 | Silent | 沉默突变比率 | | 17 | Splice_Site | 剪接位点的突变比率 | | 18 | 3’UTR | 3’UTR区域突变比率 | | 19 | 3’Flank | 3’Flank区域突变比率 | | 20 | 5’UTR | 5’UTR区域突变比率 | | 21 | 5’Flank | 5’Flank区域突变比率 | | 22 | Intron | 内含子区域突变比率 |
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